有很多廠家在實際使用過程中，都出現了影響工藝運行的現象或問題，其中浸沒式超濾材料老化、膜孔變形、斷絲等問題都直接加劇了初濾水效果，并對出水水質產生了很多不利影響。
    而膜池污染物的集中現象，也在一定程度上加劇了膜污染、膜絲間的積泥情況，導致浸沒式超濾膜組件斷絲現象加劇，或清洗困難。對于運行而言，因低溫情況而造成的反沖洗壓差增加比產水過程的通量下降、跨膜壓差增加的影響更直接，也更難以克服。此外，在浸沒式超濾實際運行過程中，有很多數量的微生物檢出,表明依然存在著生物泄漏的風險。
    浸沒式超濾技術在給水領域中已經得到了廣泛關注與使用，有關浸沒式超濾的適用性、應用性的研究也可在大量文獻中看到，然而對于浸沒式超濾技術在水廠規模使用中，可能出現的問題，卻較為少見。
    膜池污染物集中，高產水率被認為是浸沒式超濾技術的一個明顯優勢，也有觀點認為大顆粒絮體對跨膜壓差、膜污染的影響較小。為實現高產水率，先投產的項目起初只進行了底部排泥，并未采取膜池排空手法，進而導致膜池污染物高度濃縮與集中。